Disputó rondas previas ante Tolima y Sao Paulo.
La Copa Libertadores no es algo nuevo para la Universidad César Vallejo, puesto que en 2013 y 2016 disputaron la fase previa a la ronda de grupos, tras quedar en tercer lugar de los torneos 2012 y 2015.
En 2013 tras una gran campaña al mando de Víctor ‘Chino‘ Rivera, disputaron la ronda previa contra el Deportes Tolima colombiano, donde jugaba el peruano Roberto Merino. Cayeron en Colombia 1-0 con gol de Rogelio Leichtweis y en Trujillo ganaban con gol de Ronald Quinteros pero Charles Monsalvo empató y les arrancó la ilusión de la fase de grupos.
Y en 2016, con Franco Navarro en la dirección técnica, enfrentaron al poderoso Sao Paulo. En Trujillo ganaban con un golazo de Alejandro Hohberg pero lo igualó Jonathan Calleri. Y en el Morumbí, un gol de Rogerio casi al final sepultó sus esperanzas.
