Francisco Muga fue formado desde los 4 años en las divisiones menores del Club Somos Santos FC a cargo de los profesores Renatto Chira, ex futbolista de Alianza Lima, y del profesor Charlie Lora.
Francisco Muga, tras grave accidente, retorna a las divisiones menores de Alianza
Posteriormente, fue cedido a la Categoría Competitiva de Alianza Lima. Es un buen prospecto, un excelente jugador. El retorna después de un accidente grave que sufrió y es un milagro que este nuevamente entrenando.
Francisco, es un jugador diferente- Juega con el hijo de Paolo «Caballito» Hurtado, de quién ha recibido elogios por su excelente tiro de media distancia. Es agresivo, técnico y de gran potencia y velocidad.
No pudo estar presente en el campeonato del Regatas debido al grave accidente que sufrió, que lo llevo a estar en coma varios días y luego salió de manera favorable. Ahora entrena con su profesor de toda la vida en la recuperación, para retornar a las canchas este 16 de enero en las divisiones menores de Alianza Lima.